Em 1977 é eleito Reitor-Mor, no Capítulo Geral 21. É reeleito em 1984 e 1990. No total, dirigiu a Congregação durante 17 anos, a que se somam seis anos no Conselho Geral. Egídio Viganò foi um proeminente teólogo que colaborou de inúmeras formas com o Papa e a Igreja nos anos do Concílio Vaticano II e nos anos do seu reitorado.
Egídio Viganò nasceu em Sondrio, região da Lombardia no norte de Itália, a 26 de julho de 1920. Fez a primeira profissão religiosa em 1936 e, em 1939, aos 19 anos, foi enviado para o Chile, onde permaneceu até 1972. Foi conselheiro dos Bispos chilenos durante o Concílio Vaticano II. Foi nomeado Provincial dos Salesianos do Chile e, nessa qualidade, participou, em 71, no Capítulo Geral da Congregação em que foi eleito membro do Conselho Geral para a Formação. Em 1977 foi eleito Reitor-Mor. Reeleito em 84 e 90.
Durante o seu reitorado, desenvolveu estreita colaboração com o Papa e a Igreja. Participou em seis Sínodos dos Bispos. Foi Consultor de vários Conselhos Pontifícios, membro da Congregação para a Evangelização dos Povos e de várias comissões. Também participou em vários encontros dos Bispos da América Latina.
Com o Papa João Paulo II, foi nomeado juntamente com dois outros Superiores Gerais (um Beneditino e um Jesuíta) como membro do Sínodo Extraordinário no 20.º aniversário do Concílio.
Por essas e outras experiências e méritos dignos de nota, no Reitorado do padre Viganò passou a salientar-se na Família Salesiana aquele “sentire cum ecclesia” e aquela fidelidade ao Papa que em Dom Bosco eram caraterísticas conhecidas e essenciais.
O Papa nomeou-o Conselheiro do Pontifício Conselho para a Família, do Pontifício Conselho para os Leigos e da Congregação dos Institutos de Vida Consagrada e Sociedades de Vida Apostólica.
Foi também membro da Congregação para a Evangelização dos Povos, da sessão preparatória do Sínodo dos Bispos para a Europa e da Comissão Interdepartamental Permanente para uma distribuição mais equitativa do clero.
Como membro indicado pelo Papa, participou nos seis Sínodos dos Bispos, celebrados em Roma de 1980 a 1994, e em reuniões especiais no Vaticano em 1981-1982 com cardeais, bispos e superiores gerais para os problemas da América Central. Em 1983 participou nos diálogos dos superiores gerais com o Papa sobre os problemas e perspetivas da vida religiosa na Igreja e, em 1986, foi convidado a pregar os exercícios espirituais ao Papa e à Cúria Romana. Egídio Viganò deu uma contribuição especial ao último Sínodo sobre a vida consagrada.
O Pe. Viganò também será lembrado como um respeitado autor de inúmeras publicações teológicas e espirituais. Personalidade viva e cativante, raciocínio hábil, convivial também assim é lembrado por aqueles que com ele conviveram.
Ao longo da vida ocupou ainda outros cargos de relevo: em 1968, foi Presidente da Conferência Nacional Chilena dos Religiosos; entre 1977 e 95 foi Grão Conselheiro da Universidade Pontifícia Salesiana; em 1983 foi escolhido para Presidente da União de Superiores Gerais.
Nas comemorações do centenário da morte de S. João Bosco, S. João Paulo II visita o Colle Dom Bosco, atribui o título de Pai da Juventude ao fundador dos Salesianos e dedica a Carta Apostólica Iuvenum Patris “ao amado filho Egídio Viganò”.
Nos anos sob a sua direção, a Congregação assistiu à beatificação de S. Luís Versiglia e S. Calisto Caravario (1983), de Laura Vicunha (1988), do Pe. Filipe Rinaldi (1990) e da Ir. Madalena Morano (1994).
Nos últimos dias de vida, João Paulo II manifesta-se próximo, e, por telefone, transmite-lhe pessoalmente palavras de conforto e a sua bênção.
Faleceu em Roma a 23 de junho de 1995.
Em 2020, nos 100 anos do seu nascimento e 25 da sua morte, Sondrio homenageou o Pe. Viganò com a atribuição do seu nome a uma praça. O Reitor-Mor, Pe. Ángel Fernández Artime, esteve presente na cerimónia.
